A história deste jogo segue Joanna Dark, uma super espia, durante um período de tempo antes de se envolver com o Instituto Carrington em sua batalha contra DataDyne, uma corporação malvada. Como no jogo anterior, você começa uma missão com um ou dois objetivos concretos, então adquira mais com base em qual nível de dificuldade você escolhe. Alguns objetivos são necessários para completar, enquanto outros são opcionais. Uma vez que você bate um nível em uma dificuldade, abre o próximo. Você precisará vencer todo o jogo no Perfect Agent, o terceiro nível de dificuldade, se você quiser desbloquear o quarto nível de dificuldade impossivel, Dark Agent.
