O planeta de Jak e Daxter está a morrer lentamente, devido a uma falta de Eco Luminoso. Para salvar a situação, os heróis fazem equipa com a sua velha amiga Keira para partirem em busca da antiga maquinaria do Precursor que evitará a extinção do seu planeta.
Seja a combater Piratas do Ar numa nave personalizável ou fazendo explodir Aeropeanos com a castigadora arma Gunstaff, a viagem de Jak e Daxter irá levá-los para além do extremo da Orla, e para uma guerra maior do que alguma vez tinham imaginado.