A história de Rainbow Six Vegas 2 é paralela aos eventos da Parte 1. O jogador assume o papel de Bishop, um alto comandante das forças do Rainbow, igual ao seu companheiro de armas Logan Keller da Parte 1.
Ele corajosamente lidera sua equipe através do caos para acabar com a ameaça dos terroristas, liderados por Alvarez Cabrero, e libertar Vegas de uma vez por todas.