De regresso a Babylon com o seu recém-encontrado novo amor, Kaileena, o Príncipe depressa descobre que a sua terra natal está assolada pela guerra. Tendo sido capturada, Kaileena não tem outra opção para além de libertar as Sands of Time (As Areias do Tempo) para salvar o seu Príncipe, mas será que ele consegue ter a força suficiente para impedir o Dark Prince (Príncipe Negro) de o possuir?
Domina duas personagens muito diferentes à medida que vais enfrentando inimigos com o novo sistema de combate livre. Estrangula os inimigos com o Daggertail ou usa novas capacidades de disfarce para lançares mortais ataques a partir das sombras, ao mesmo tempo que te deixas envolver numa trama que te prenderá ao sombrio destino do Príncipe.