Os personagens originais de Monkey Ball de Aiai, Meemee, Gongon e Baby estão de volta. Eles se juntam a uma série de novos personagens, incluindo um príncipe e uma princesa, que estão separados por uma rixa entre seus reinos. O casal foge para a Jungle Island, onde conta com a ajuda da gangue Super Monkey Ball, para unir os rivais Monkey Kingdoms e derrotar os pessimistas que sugaram toda a alegria do mundo Monkey Ball.