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O Comandante supremo, como seu predecessor espiritual, começa com o jogador que possui apenas uma única unidade de construção insubstituível chamada de "Unidade de Comando Blindada", ou ACU, o Supremo Comandante titular. Normalmente, a perda desta unidade resulta na perda do jogo (as missões Skirmish podem ser definidas para uma variedade de condições de vitória). Esses trajes mecânicos são projetados para serem transportados através de gateways quânticos através da galáxia e contêm todos os materiais e projetos necessários para criar um exército do século 37 a partir dos recursos nativos de um planeta em horas. Todas as unidades padrão, exceto Comandantes e Comandos de Apoio (sACU), são robôs autossuficientes.
